在第二次新吉(🔨)恩战争、别名“夏亚的叛乱”终结后,地球圈(🕰)取得了短暂的和ccc。这(🌰)之后3年,宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业(⚫)7号”上进行了一项秘密(mì )交涉。内容为--被认为是(🕌)地球联邦政府(🗑)暗中操控的“比斯特(tè )财团”将把最高机密“拉普(📎)拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。另一方面,在安纳海姆(mǔ )工业专门学校就读的少年巴纳(⏰)吉·林(lín )克斯(sī )遇见了自称为奥黛丽·本的少女(实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女,美耐巴·扎比)奥黛丽为了制(🐛)止(zhǐ )新(xīn )的战争爆发,必(bì )须组织(zhī )“拉普拉斯之箱”的交易(yì )。巴纳吉在数次帮助奥黛(📸)丽之后,逐渐被她所(🏃)吸(🔞)引。随后,地球联(lián )邦察觉了这起(qǐ )交易,并进行军事介入,工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一(🎴)边避(🚤)难一边寻找着奥黛丽,而出现(xiàn )在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿(ā )斯(sī )·比(🙅)斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密(mì )(🎁)告诉了(🏖)巴纳吉,并且将箱之钥匙--“机动战士高达独角兽”托付给(gěi )他(tā )。随后,一(🌲)场围绕“拉普拉斯之箱”的战争开始了……